Με τον όρο μετανάστευση εννοούμε τη διαδρομή την οποία κάνουν τα πουλιά κάθε χρόνο από τον τόπο διαχείμασης έως τον τόπο αναπαραγωγής τους. Η μετανάστευση χωρίζεται σε δύο μεταναστευτικές περιόδους: το Φθινόπωρο και την Άνοιξη. Το ταξίδι αυτό μπορεί να σημαίνει μια διαδρομή χιλιάδων χιλιομέτρων (π.χ. η Νανοσκαλίδρα έρχεται στην Ελλάδα από την Γροιλανδία, ο Αμπελουργός από την Ινδία ο Μαυροπετρίτης από την Μαδαγασκάρη κ.α.). 

Τα πουλιά τα οποία αναπαράγονται στην Ελλάδα, δηλαδή μένουν την Άνοιξη και το Καλοκαίρι, έρχονται από την Αφρική, ενώ αυτά που ξεχειμωνιάζουν έρχονται συνήθως από βορειοευρωπαϊκές χώρες. 

Οι κίνδυνοι που αντιμετωπίζουν τα πουλιά κατά τη μετανάστευση είναι αρκετοί. Καταρχάς, πολλά είδη αναγκάζονται να καλύπτουν μεγάλες αποστάσεις πάνω από θάλασσες ή ερήμους που σημαίνει πως πρέπει να τις διανύουν χωρίς στάσεις και χωρίς να μπορούν να βρουν εύκολα την τροφή τους. Αυτό συνεπάγεται πως αρκετά πουλιά πεθαίνουν από την εξάντληση. Ένα ακόμα πρόβλημα είναι η μετανάστευση μέσα από τις μεγαλουπόλεις. Τα ψηλά κτήρια και η πολύβουη καθημερινότητα των πόλεων δυσκολεύει το έργο των πουλιών όταν περνούν από εκεί.